横浜六専門学校リーグ（高商・高工、Ｙ専・医専、横専、関東学院専門）を前身とし、１９４９年（昭和２４年）新制大学発足を契機に、横浜国立大学、横浜市立大学、神奈川大学、関東学院大学の４大学で神奈川県の大学野球は一歩を踏み出した。

昭和２５年には東京水産大学の加入で５大学に、昭和２７年には麻布獣医大学が加盟したものの両大学とも２～３年で脱退し、昭和３１年に防衛大学校の加盟により昭和５１年まで「神奈川五大学野球連盟」の名称ででリーグ戦の熱戦が繰り広げられた。

昭和５２年に幾徳工業大学（現神奈川工科大学）が加盟し「神奈川六大学」に、さらに 昭和５７年に横浜商科大学、鶴見大学、東京工芸大学、神奈川歯科大学が加わり、１０大学となり一部、二部体制の「神奈川大学野球連盟」と名称を改めた。

さらに、平成１４年に神奈川歯科大学が離脱したが、平成１６年には田園調布学園大学が平成１８年には桐蔭横浜大学が平成１９年には職業能力開発総合大学校が平成２１年には松蔭大学が新たに加盟し、一部６校二部７校に編成された。

この間、昭和２７年より開催された全日本大学野球選手権大会では横浜市立大学が第１回大会、第３回大会でベスト４に、それ以降も神奈川大学が８度のベスト４に、そして平成２６年に準優勝、関東学院大学が２度のベスト４に、そして平成５年に準優勝を、明治神宮野球大会では平成１５年に神奈川大学が準優勝、平成２４年に桐蔭横浜大学が優勝を成し遂げている。

本連盟は発足時から長年にわたり平和球場をメイン球場としてリーグ戦を開催している。平和球場は、時代の流れの中で「横浜公園球場」「ゲーリック球場」そして昭和２７年「平和球場」と名称は変わったものの、野球発祥の地横浜で多くの県民に親しまれた球場であった。

そして幾多の歴史を刻んだ平和球場は昭和５３年、市民の球場「横浜スタジアム」として日本で二番目の人工芝球場に生まれ変わった。

本連盟のリーグ戦がその伝統ある球場で多くの方々のご協力を得て開催できる喜びを謙虚に受けとめ、役員、選手一同日々精進していく所存である。